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Version du 25 janvier 2014 à 15:54

FAQ du LAGA : Informations générales

Cette nouvelle faq ("frequently asked questions", ou "foire aux questions") est basée sur l'interface "mediawiki" (= l'interface utilisée par wikipedia), et tous les membres du LAGA (doctorants, enseignants-chercheurs, administration) sont invités à la modifier/améliorer !

On trouvera donc tout un tas de petites informations pouvant vous faciliter la vie au LAGA.

Comment signaler un problème

En cas de problème sur une machine du LAGA ou sur le réseau, envoyer un mail à support@math.univ-paris13.fr. Ce mail sera envoyé à l'équipe des administrateurs.

Problèmes informatiques au LAGA

Voir la page système.

Bibliothèques

Voir la page dédiée aux bibliothèques / mots de passe pour accéder aux revues .

Calcul

Utilisation du serveur de calcul Gaia

Gaia est un serveur de calculs proposant notamment Matlab et Maple. Il est accessible à tous les membres du LAGA et à leurs collaborateurs. D'autres logiciels comme FreeFem++, sage ou R sont disponibles.

Pour utiliser et savoir ce qu'est plus précisément le cluster gaia, vous devez vous rendre sur son site https://gaia.univ-paris13.fr.

Si vous faites partie du LAGA ou du LIPN et que vous désirez un compte, vous devez envoyer un mail à support@gaia.univ-paris13.fr.

Pour les problèmes techniques sur le cluster, il faut aussi écrire à support@gaia.univ-paris13.fr.

Utilisation de Matlab et Maple au Labo

Serveur Schwarz

Le serveur schwarz propose les jetons Matlab et Maple de Mathrice. Cette machine est réservée à l'équipe Modélisation et Calcul Scientifique.

Si vous avez un compte sur schwarz, la connection se fait par la commande:

ssh -X schwarz.laga

Si vous avez besoin d'un compte sur schwarz, merci d'en faire la demande à scarella at math.univ-paris13.fr

La version par défaut de Maple est la version 17. On exécute son interface graphique via:

xmaple&

Ou bien, en ligne de commande,

maple

La version par défaut de Matlab est la version R2013a. On y accède via la commande:

matlab&

Il est conseillé d'utiliser le compilateur Matlab afin de ne pas monopoliser les jetons Matlab (25 sur le plan national pour Mathrice):

%compilation du fichier test_fic.m
mcc -m test_fic.m

%exécution (ici sans argument)
./run_test_fic.sh /usr/local/matlab-R2010b

Pour rappel, ce sont les jetons de Mathrice, ce qui implique l'utilisation d'un jeton maximum par utilisateur. Voir la page d'explication http://plm.math.cnrs.fr/spip.php?article20 ainsi qu'une page expliquant l'utilisation du compilateur Matlab http://plm.math.cnrs.fr/spip.php?article43

Serveur de calculs Gaia

Les logiciels Matlab et Maple sont aussi accessibles par le cluster gaia.

Matlab R2013a et Maple 17 sont les versions par défaut, accessibles uniquement sur les noeuds (pas depuis la frontale).

Pour se connecter à gaia,

ssh -X <mon_login>@gaia.univ-paris13.fr

Pour se connecter à un noeud, un choix est proposé dès la connexion sur la frontale de gaia.

Les noeuds en service sont les suivants: creos61, 62, 64, 71 à 75.

Les commandes pour utiliser ces logiciels sont les mêmes que sur schwarz.

Calcul Haute Performance et calcul distribué

Le cluster de calcul magi de l'Université est accessible à tous les chercheurs de l'Université. Pour y avoir accès, il faut définir un projet.

Toutes les infos sont données sur la [[ page wiki de magi | http://www.univ-paris13.fr/calcul/wiki/index.php?title=Accueil]

GPU

Le serveur schwarz (réservé à l'équipe MCS) est doté d'une carte graphique GeForce GTX 660, destinée au calcul GPU.

De plus, il existe une partition GPU sur le cluster magi. La carte graphique proposée est une carte graphique Tesla C1070.

FreeFem++

FreeFem++ est disponible sur gaia (version 3.25), sur schwarz (3.20) et sur magi.

R

R est disponible sur gaia (version ) et sur magi ().

Mathématiques

La Plateforme en Ligne de Mathrice (PLM)

Résumé des services proposés par le CNRS dans le cadre de Mathrice. Comment accéder à ces services. Résumé des services proposés

-un bureau virtuel accessible par le Web intégrant toutes les autres fonctionnalités

-un accès aux bases bibliographiques et aux revues électroniques

-une messagerie complète avec une adresse de type toto@math.cnrs.fr

-serveurs de calcul

-un accès distants interactifs vers des systèmes Linux

-hébergement de sites web

-hébergement et de transfert de fichiers (disque Internet 20Go)

-hébergement d'espaces de travail collaboratifs avec gestion de versions (logiciel subversion)

-logiciels de calcul Maple et Matlab

-logiciel SAGE (logiciel libre concurrent de Maple et Matlab)

et beaucoup d'autres...

Pour plus d'informations, http://plm.math.cnrs.fr/

Obtenir un compte

Pour obtenir un compte sur la plateforme mathrice, il vous suffit d'envoyer votre demande à support@math.univ-paris13.fr en spécifiant votre login d'utilisateur.

Merci de nous préciser s'il sagit d'un renouvellement, d'une nouvelle demande ou d'une migration de compte déjà existant.

Travailler sur les machines du LAGA à distance

Comment lancer un calcul à distance, laisser tourner un calcul sans être connecté, envoyer un mail quand le calcul est fini ...

Se connecter sur la machine qui va calculer

Choisir une machine sur laquelle lancer le calcul, par exemple votre poste fixe dans votre bureau. Son nom est marqué sur une étiquette sur le boîtier. Vous pouvez également lancer un calcul sur le cluster.

Se connecter en ssh sur cette machine. Depuis un autre ordinateur du laboratoire, on peut se connecter directement à une autre machine en tapant :

ssh nom_de_machine

Depuis l'extérieur du laboratoire, il faut passer par la machine macoui.math.univ-paris13.fr

ssh macoui.math.univ-paris13.fr

ssh nom_de_machine

se connecter en ssh avec environnement graphique

Lancer un calcul

version simple : taper la commande

Avec screen

Problème de la version simple : lorsque le calcul est lancé, il faut rester connecté à la machine de calcul. On ne peut pas fermer la fenêtre qui contient le terminal ssh, se déconnecter (débrancher la prise réseau ou le wifi), encore moins éteindre la machine qui ne calcule pas. Le logiciel screen permet tout ceci.

Mode d'emploi :

sur la machine de calcul, lancer screen dans un terminal. Le programme screen remplace le terminal, fournit une invite de commande, c'est comme si rien ne s'était passé.

Lancer un calcul dans le terminal screen.

se détacher du terminal screen. Méthode au choix parmi : control+a d, fermer la fenêtre, arrêter l'ordinateur, couper le courant. Le calcul continu en tâche de fond, sauf si vous avez arrêté l'ordinateur qui calcule.

lister les programmes screen qui tournent sur une machine : screen -ls

se reconnecter à un programme screen qui tourne : screen -r id où id est le numéro du programme fourni par screen -ls

Vérifier qu'un programme tourne

commande top dans un terminal

sur le cluster : état des machines

Envoyer un mail quand le calcul est terminé

Le plus simple est de rajouter une commande après votre calcul qui vous envoie un mail. Par exemple :

avec R : le package sendmailR fournit la commande

sendmail(from="machine de calcul",to="lithiao@",subject="Computation finished",msg="antues",control=list(smtpServer="obelix.laga"))

Pour un usage plus avancé de screen voir FAQ_Systeme#La_commande_screen